NATURA 2000 je názov sústavy chránených území členských krajín Európskej únie a hlavným cieľom jej vytvorenia je zachovanie prírodného dedičstva, ktoré je významné nielen pre príslušný členský štát, ale najmä pre Európsku úniu (EÚ) ako celok.
Táto sústava chránených území má zabezpečiť ochranu najvzácnejších a najviac ohrozených druhov voľne rastúcich rastlín, voľne žijúcich živočíchov a prírodných biotopov vyskytujúcich sa na území štátov EÚ a prostredníctvom ochrany týchto druhov a biotopov zabezpečiť zachovanie biologickej rôznorodosti v celej EÚ.
Skupina pre ochranu netopierov sa podieľala v rokoch 2004 až 2005 na príprave dokumentov potrebných pre systém NATURA 2000. Kolektív autorov pripravil v prvom kroku na základe doterajších poznatkov a stupňa poznania netopierov na Slovensku
Návrh definície priaznivého stavu druhov netopierov (Chiroptera). Bude slúžiť na posudzovanie stavu jednotlivých druhov netopierov na Slovensku. Je len východiskovým dokumentom a je potrebné overiť počas monitoringu. Následne bude poopravený a doplnený podľa nových poznatkov.
V súčasnosti bol dokončený už aj
Návrh metodiky monitoringu pre druhy netopierov (Chiroptera), kde sa navrhuje rozšíriť spektrum používaných metód výskumu tak, aby boli monitoringom podchytené všetky druhy našich netopierov na Slovensku. Doterajší monitoring v rámci
Čiastkového monitorovacieho systému BIOTA využíva len kontroly úkrytov a reálne zachytával aspoň minimálnu časť populácie len u 6 druhov netopierov.