Kontrola úkrytov
Vhodné a bezpečné úkryty sú pre netopiere nevyhnutnou podmienkou ich prežitia v prostredí. Poznanie netopierích úkrytov, počet jedincov a druhy osídľujúce tieto úkryty – toto sú prvoradé údaje pre ich ochranu. Medzi najznámejšie úkryty patria jaskyne a podkrovia kostolov. Je dôležité na takýchto lokalitách sledovať možné nepriaznivé vplyvy a riešiť ich ochranu.
Letné úkryty
Najväčšie známe kolónie sa nachádzajú práve
v podkroviach sakrálnych stavieb – kostolov. Výskum netopierov v podkroviach sa zameriava aj na historické stavby v intravilánoch obcí, kde sa ešte pomerne často dajú nájsť netopiere. Toto mapovanie výskytu netopierov patrí medzi najrozšírenejšie. Kontrola týchto priestorov však nepodáva kompletný obraz o skladbe netopierov v území kvôli obmedzenému počtu druhov využívajúcich podkrovia. Výskum je tu však veľmi potrebný, pretože v posledných rokoch sa robia
opravy a rekonštrukcie mnohých stavieb vo zvýšenej miere spojených s uzatváraním okien pletivami, chemickým ošetrovaním krovu a pod. čím sa znemožňuje netopierom osídľovať tieto priestory. Doteraz kontrola letných úkrytov nebola koordinovaná a to či sa lokalita skontroluje alebo nie závisí od ochoty našich dobrovoľníkov.
Začali sa dohľadávať aj letné úkryty
stromových druhov netopierov, prevažne pomocou detektorov pri ranných rojeniach. Dohľadanie obsadenej netopierej dutiny vyžaduje veľa času.
Zimné úkryty
Ľudia sa oddávna pri objavovaní jaskýň stretávali aj s netopiermi. Preto sa aj výskum netopierov začal práve tu. Dnes každoročne v zime priaznivci netopierov navštevujú okolo 400 lokalít, kde zimujú netopiere. Sú to najmä jaskyne, opustené banské diela a štôlne, staré či nefunkčné tunely, vojenské bunkre, pivnice, podzemné sklady a pod. Tam sčítavajú zimujúce netopiere za pomoci silných bateriek, prípadne lezeckej výstroje. Na ceste k zimoviskám neraz musia prekonať kilometre šľapania v hlbokom snehu a potom možno aj trochu riskovať vlastný život, pri zdolávaní náročných podzemných priestorov. Pravidelné každoročné sčítania nám prinášajú prehľad o počte zimujúcich netopierov a ich druhovej skladbe. Stanovenie celkovej početnosti netopierov v území bude asi ešte veľmi dlho pre nás nemožné. Výsledky pravidelných dlhoročných sčítaní na jednotlivých zimoviskách nám podávajú obraz o stave populácií netopierov a prípadnej nutnosti zabezpečenia ich ochrany. Rušenie netopierov pri zimovaní má na nich veľmi nepriaznivý dopad, keďže prebudenie sa zo zimného spánku vyžaduje veľa energie, ktorá je inak potrebná na prečkanie dlhého zimného obdobia. Preto aj sčítavanie netopierov je nutné robiť citlivo a bez rušenia zimujúcich netopierov.
Odchyty v jesennom období
Sezónou párenia netopierov je jeseň. Vtedy netopiere pri preletoch z letných do zimných úkrytov aktívne vyhľadávajú miesta s výskytom ďalších jedincov. Takéto miesta sú pre nich neskoršie aj zimoviská. Väčšiu časť druhov môžeme stretnúť práve tu. Netopiere pri svojich jesenných preletoch navštívia aj viaceré lokality, kde sa stretávajú samčeky so samičkami (netopiere inak cez leto – obdobie výchovy mláďat, žijú zväčša oddelene). Takéto jesenné odchyty sa robia najmä pred jaskyňami a štôlňami. Výskumnou metódou takýchto odchytov sa dá určiť význam lokality nielen ako zimoviska ale aj počas jesenných preletov. Väčší význam pri preletoch ako pre samotné zimovanie netopierov môžu mať najmä pseudokrasové, malé puklinové či rozsadlinové jaskyne v nekrasových oblastiach, kde sa nenachádza množstvo "klasických" krasových jaskýň. Odchyty do sietí nám slúžia tiež na doplnenie prehľadu o druhovom spektre v sledovanej oblasti. Jemné nárazové siete sa umiestňujú pred vletový otvor do podzemia. Odchytené netopiere sa podobne ako pri predchádzajúcej metóde odchytov určia, zistí sa ich pohlavie a potom sa vypustia. Aj tu sa odchytom netopierov môže zistiť prítomnosť druhov, ktoré sa vizuálne ťažko od seba rozlišujú alebo pomocou ultrazvukového detektora ich nie je možné rozlíšiť vôbec. Ide najmä o dvojice netopierov: netopier fúzatý a netopier Brandtov, netopier obyčajný a netopier ostrouchý, ucháč svetlý a ucháč sivý. Zisťovanie druhov je týmto spôsobom jednoznačnejšie, pretože ak sú potom netopiere pri zimovaní zalezené v štrbinách, ťažko sa určujú a ich rušenie je tu neprípustné.