Ochrana netopierov spočíva hlavne v ochrane ich biotopov. Rovnako dôležité sú úkrytové biotopy (podkrovia, stromové dutiny, jaskyne) aj lovné biotopy. Úkryty využívané netopiermi na rozmnožovanie, ako napríklad niektoré podkrovia kostolov, im slúžia aj počas dlhých desaťročí a preto je ich zachovanie jednou z kľúčových úloh v ochrane týchto živočíchov. Kostoly sú často posledným útočišťom pre druhy viazané na podkrovné stavby, pretože neustále prebiehajú rekonštrukcie týchto budov. Druhou v súčasnosti ohrozenou skupinou sú druhy využívajúce štrbiny panelových domov na sídliskách kvôli intenzívne prebiehajúcemu zatepľovaniu bytov. Ochrana si vyžaduje praktické ale aj právne formy. Praktická ochrana teda spočíva najmä v starostlivosti o významné letné kolónie, riešení problémov s netopiermi na sídliskách a zabezpečovaní zimovísk. Súčasťou ochrany druhov a zároveň prevencie proti škodcom je najmä v zahraničí vyvesovanie búdok v lesných porastoch s nedostatkom dutín.